Habibie & Ainun didasarkan kisah nyata dua orang tokoh besar yang dimiliki bangsa ini. Plotnya lebih menekankan pada kisah cinta antara Habibie dan Ainun sejak awal kali mereka bertemu hingga mereka berpisah. Perjalanan kisah roman mereka sederhana saja, seperti pasangan kebanyakan dimana setiap hubungan pasti ada kalanya naik-turun. Ketulusan dan kesetiaan yang mampu membuat para penonton terharu dan menitikkan air mata. Cerita berawal saat Habibie (Reza Rahardian) yang kuliah di Jerman pulang ke tanah air. Ia bertemu Ainun (Bunga Citra Lestari) yang merupakan teman semasa sekolahnya dulu. Mereka saling jatuh cinta dan tak memerlukan waktu yang banyak untuk melanjutkan ke jenjang pernikahan. Ainun lalu ikut menemani Habibie melanjutkan hidupnya ke Jerman. Berbagai rintangan mereka lalui bersama dengan saling pengertian dan kesabaran hingga kepergian Ainun memisahkan mereka.
Dari cerita cinta yang sederhana, Ginatri S. Noer dan Ifan Adriansyah Ismail mampu membuat alur cerita menjadi tidak membosankan. Detail cerita yang disajikan membuat penonton ikut merasakan ketulusan cinta yang diberikan oleh Habibie dan Ainun untuk terus semangat menjalani kehidupan mereka yang mengalami berbagai rintangan. Adegan saat Habibie melamar Ainun di dalam becak merupakan adegan romantik yang sederhana namun mengundang haru dan decak kagum. Kisah cinta yang menjadi fokus cerita menjadikan sisi lain dari Habibie sebagai tokoh politik penting dan besar yang terasa seperti tempelan.
Karakter Habibie yang khas, sukses dibawakan Reza Rahardian yang secara matang membuat film ini tampak nyata dan tidak dibuat-buat. Setelah meraih dua Piala Citra kategori aktor pendukung terbaik dalam film Perempuan Berkalung Sorban (2009) dan Aktor Terbaik melalui 3 Hati 2 Dunia, 1 Cinta (2010), Reza layak untuk mendapatkan penghargaan Aktor terbaik tahun ini. Chemistry antra Reza dan Bunga Citra Lestari mampu mengusung romantisme yang tidak murahan. Bunga Citra Lestari membuktikan bahwa dia benar-benar bisa berakting dengan baik dengan karakternya yang anggun dan bersahaja. Kehadiran pemain pendukung lainnya seperti sineas Hanung Bramantyo dan Ratna Riantiarno juga menambah daya tarik filmnya. Suasana romantis penuh haru tidak lepas dari keindahan musik yang meningkatkan mood, yang digawangi oleh Tia Subiakto.
Di luar aspek akting, setting, serta sinematografi yang pencapaiannya baik namun dari sisi pencapaian make-up masih sangat buruk padahal aspek ini adalah salah satu aspek paling penting dalam keberhasilan biopic seperti ini. Tentu dengan segala kekurangan dan kelebihannya film Habibie & Ainun ini wajib ditonton bagi pecinta film Indonesia karena merupakan hasil karya yang memberikan kenangan dan makna yang dalam.